Também é professor do programa de pós-graduação em Agronegócio da Universidade de Brasília e da pós-graduação em Economia da Universidade Federal de Viçosa (UFV).

Pesquisador do Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada (IPEA) e doutor em Teoria Econômica pela Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), tendo realizado pesquisa de doutoramento na Universidade de Bordeaux, no Groupe de Recherche en Économie Théorique et Appliquée (GREThA).

Em 2014, José Eustáquio Vieira foi pesquisador visitante da Universidade de Columbia, trabalhando no Technological Change Lab (TCLab) e no Institute of Latin American Studies (ILAS).

Além disso, obteve mestrado em Economia Aplicada pela Universidade Federal de Viçosa (UFV), especialização em Administração Pública pela Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP) e bacharelado em Economia pela Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG).

No meio acadêmico, José Eustáquio Vieira leciona no curso de Pós-graduação em Agronegócio da Universidade de Brasília (Propaga-UnB).

Na esfera federal, desenvolve e avalia políticas públicas de inovações tecnológicas na agricultura. Em 2013, foi agraciado com o “Prêmio Ruy Miller Paiva” da Sociedade Brasileira de Economia, Administração e Sociologia Rural (SOBER).